NISAは運用益が非課税になる制度ですが、裏返しの弱点があまり知られていません。NISA口座で損失が出ても、特定口座の利益と相殺（損益通算）できないのです。この弱点を、具体的な税額計算と私自身のNISA保有データで確認します。
NISAの損失は税務上「なかったこと」になる
通常、複数の特定口座（課税口座）を持っている場合、A証券で50万円の利益、B証券で30万円の損失が出れば、確定申告によって差し引き20万円の利益として課税されます（損益通算）。使いきれない損失は翌年以降3年間繰り越すこともできます。
ところがNISA口座では、この仕組みが使えません。NISA口座内の損失は税務上「発生しなかったもの」として扱われるため、特定口座の利益と相殺することも、翌年に繰り越すこともできません。非課税というメリットの裏側にある、NISA最大の弱点です。
具体例で見る税額の差
抽象的な説明だけでは実感しにくいので、具体的な金額で比較します。特定口座で50万円の利益、NISA口座で30万円の損失が同時に出たケースを試算しました。
| ケース | 課税対象額 | 納税額 |
|---|---|---|
| 特定口座同士（損益通算あり） | 50万円－30万円＝20万円 | 40,630円 |
| 特定口座＋NISA（通算不可） | 50万円（NISAの損失は無視） | 101,575円 |
同じ「利益50万円・損失30万円」という結果でも、NISA口座で損失が出た場合は約6万円多く納税することになります。NISAで損失が出たという事実そのものが、税務上まったく考慮されないためです。
この弱点が問題になりやすい場面
損益通算できない弱点は、次のような場面で特に影響が大きくなります。
- NISA口座で個別株を保有し、価格が下落したタイミングで売却した場合。特定口座での利益と相殺できないため、想定より税負担が重くなる。
- NISA枠を使い切るために高値圏で一括投資し、その後の下落で売却した場合。積立と違い、一括投資はタイミング次第で損失が確定しやすい。
- NISA・特定口座の両方で同じ投資信託を保有し、片方だけ利益確定・もう片方が含み損の場合。口座をまたいだ最適な売却順序を考える必要がある。
制度面での対策は限られていますが、少なくとも「NISA口座は損失が出ても税務上救済されない」という前提を理解した上で、売却タイミングを検討することが重要だと考えられます。新NISA制度の基本枠組みはNISA2026年制度の基礎解説で確認できます。
運営者YK視点｜自分のNISA含み益で考えてみる
投資歴20年・運用資産6,000万円規模の私自身のNISA保有データで考えます。私はNISA成長投資枠とつみたて投資枠の両方でオール・カントリー型の投資信託を保有しています。
成長投資枠は元本520万円に対して含み益160万円、つみたて投資枠は元本300万円に対して含み益102万円と、現時点ではどちらも大きな含み益です。今のところ「NISAの損失が通算できない」という弱点は私にとって現実の問題にはなっていません。
ただし、この含み益がいずれ含み損に転じる可能性はゼロではありません。NISA口座の含み益は、特定口座の含み益とは税務上の性質が異なるという前提を踏まえ、私は含み益が大きいうちに慌てて利益確定する必要はないと考えている一方、仮に大きく下落する局面が来ても、NISA口座の含み損を理由に特定口座の利益確定タイミングを変える判断はしない方針です。損益通算できない以上、NISA口座はNISA口座単体で長期保有を貫くほうが、この制度の弱点に振り回されずに済むと考えています。
まとめ
NISAは運用益が非課税になる大きなメリットがある一方、口座内の損失は特定口座の利益と相殺できず、繰越控除もできないという弱点があります。同じ利益・損失の組み合わせでも、NISAで損失が出ると数万円単位で納税額が変わることを、具体例で確認しました。NISA口座での売却タイミングを検討する際は、この非対称性を踏まえておくことをおすすめします。
NISA成長投資枠の具体的な活用例は新NISA成長投資枠で高配当株を買う手順、こどもNISAについてはこどもNISAの制度解説記事もあわせてご覧ください。
本記事は2026年時点の税制に基づく一般的な解説であり、個別の税務相談は税理士・税務署にご確認ください。記載の試算は仮定に基づくものであり、将来の運用成果や納税額を保証するものではありません。詳細は免責事項をご確認ください。
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